اینکه گفته شد به بهانۀ کمبود نان به این معنی نیست که مشکل کمبود نان (غذای اصلی مردم) در آن زمان وجود نداشت، بلکه این مشکل در دوران قاجار گاه و بیگاه چهرۀ مخوف خود را نشان داده بود و حتی چند بار در دوران ناصرالدین شاه منجر به قحطی‌های هولناکی در قسمت اعظم ایران از جمله اصفهان شد. قحطی‌هایی که بعضی از خانواده‌ها از گرسنگی کودکان خردسال خود را خوردند. اما با وقوع انقلاب مشروطه و ناامنی در راهها و هرج و مرجی که در سراسر کشور به دنبال آن به وجود آمد، مشکل کمبود نان بیشتر شد و به یک مشکل دائمی تا زمان ایجاد ثبات در ایران در زمان حکومت رضاشاه تبدیل گردید.

     بنابراین مشکل کمبود نان و گرانی ارزاق وجود داشت اما این شورش ساختگی بود زیرا حرکتی خودجوش نبود و شورشیان نیز مردم معمولی نبودند بلکه عمدتاً اشرار و لوطیان شهر بودند که با پول عده‌ای از ملاکین و محتکران شهر اجیر شده بودند و قربانی اصلی این حادثه هم کسی نبود جز کفیل یا معاون بلدیه، مرد کوشا و دلسوزی که با تحت فشار گذاردن محتکران می‌خواست نان خوب و ارزان در اختیار مردم گرسنۀ شهر بگذارد. بنابراین حاج محمدجعفر خوانساری با نقشۀ محتکران شهر که از دخالت های بیجای او برای شکستن درب انبارهایشان و آوردن گندم و جو به شهر عاصی شده بودند به بهانۀ کمبود نان یعنی همان چیزی که خود مجدانه در پی رفع آن بود، کشته شد. 

    جزئیات این واقعه از زبان روزنامه‌های شهر و شاهدان عینی این گونه است:

   صبح روز شنبه در تاریخ 7 جمادی الاول 1329ق/ 15 اردیبهشت 1290ش، شهر در یک حالت اغتشاش و هیجان است. اول صبح بازاری‌ها می‌خواهند دکان‌های خود را ببندند که وثیق الملک، رئیس بلدیه، به بازار می‌رود و آنها را آرام می‌کند. با این حال عده‌ای به بلدیه می‌آیند و از کمبود نان شکایت می‌کنند. نزدیک ظهر یکباره دکانها بسته می‌شود و جمعی به طرف بلدیه به راه می‌افتند.

    عده‌ای از اشرار به زنی بدنام یک نان بد ساختگی را می‌دهند و او را جلو می‌اندازند که وارد ادارۀ بلدیه می‌شود. در آن هنگام خوانساری حضور دارد و مشغول ناهار خوردن است. زن به او می‌گوید که ما این نان را می‌خوریم. خوانساری جواب می‌دهد که من در اصلاح کار نان جدیت دارم. آن زن بیرون می‌آید و به دروغ می‌گوید که فحش ناموسی داد. بنابراین اشرار وارد عمل می‌شوند و به زدن خوانساری مشغول می‌شوند و آن قدر مشت و لگد و ضربه به بدن او می‌زنند که خوانساری بی‌حال می‌شود و بر روی زمین می‌افتد.

    آنگاه اشرار طنابی به پای او می‌بندند و او را از ادارۀ بلدیه، واقع در باغ کاج جنب عمارت چهل‌ستون، بر روی زمین می‌کشند و هر کس ضربه‌ای به او می‌زند تا اینکه وی را در جلوی مسجد شیخ لطف الله به درختی آویزان می‌کنند. اما طناب پاره می‌شود و خوانساری به زمین می‌افتد. باز او را تا درب بازار قیصریه بر روی زمین می‌کشند و بالای سر در بازار کلاه دوزها وارونه آویزان می‌کنند. سپس شورشیان پس از غارت بلدیه به ادارۀ عدلیه حمله و تمام اثاثیۀ آن را غارت می‌نمایند و همۀ اسناد آنجا را پاره می‌کنند یا در حوض چهلستون می‌ریزند یا در اطراف پراکنده می‌کنند. آن گاه به انجمن ولایتی می‌ریزند، آنجا را نیز غارت می‌کنند و همین کار را با ادارۀ تحدید تریاک هم انجام می‌دهند. سپس به سمت ساختمان‌های مربوط به حاکم شهر و ادارۀ نظمیه حرکت می‌کنند که با شلیک چند تیر متوقف می‌شوند و آن روز شوم به پایان می‌رسد.

    جسد محمدجعفر خوانساری در برابر دید همگان آویخته است و نمی‌گذارند که کسی آن را پائین بیاورد. حتی می‌خواسته‌اند که آن را آتش بزنند تا اینکه اول غروب کلباسی نامی، یکی از اعضای انجمن ولایتی، چند نفر را می‌فرستد تا از بالای بام، جسد را بالا می‌کشند و از دست شورشیان نجات می‌دهند و آن را شبانه ظاهراً در مسجد حاج محمدجعفر آباده‌ای (مسجدی که خانوادۀ خوانساری در ساخت آن نقش داشت) غسل می‌دهند و فردای آن روز مخفیانه در تکیۀ فاضل هندی در تخت فولاد دفن می‌کنند.

     با اینکه خوانساری با توطئۀ عده‌ای از محتکران شهر که جزو ملاکان و افراد ثروتمند و بانفوذ شهر بودند، کشته شد اما اشتباه خواهد بود که در قتل وی نقش دیگر افراد و گروههای متنفذ شهری را نادیده بگیریم. چرا که وی در مجموعه‌ای از وقایع و رقابت‌های سیاسی که منجر به تخریب تعدادی از نهادهای مدنی شهر گردید، کشته شد. 

    این نهادها که عملاً از بدو تشکیل خود به موجب فرمان مشروطه، مراکزی برای نفوذ افراد متنفذ شهری و عرصۀ کشاکش و اختلافات نیروهای مختلف بودند، آن چنان محیط شهر را چند قطبی کردند که دسته‌ای برای از میدان به درکردن رقیب با دستۀ دیگر موقتاً ائتلاف می‌کرد و عملاً بازشناسی دوست و دشمن از هم و بالتبع تحلیل وقایع مشکل می‌شد. به طوری که در تحلیل این واقعه دیدگاه‌های گوناگونی توسط شاهدان ابراز شده است.

    در مجموع آنچه از بررسی شرایط و عوامل در آن دوره برمی‌آید، این است که مجموعه‌ای از ملاکان و محتکران آذوقۀ شهر، که طیف گوناگونی از گروههای متنفذ شهری بودند، همراه با حاکم شهر، معتمدخاقان، که در اصل قرار بود برای ادارۀ شهر با نهادهای اداری همکاری کند، علیه طیف دیگری از نیروهای متنفذ شهری، که عمدتاً از مشروطه‌خواهان بودند، به بهانۀ کمبود نان یعنی همان چیزی که خود مسببش بودند، توطئه کردند. آنها با تخریب انجمن ولایتی و تعدادی از ادارات شهر و کشتن معاون بلدیه، حاج محمدجعفر خوانساری، مشروطه‌خواهان شهر را از عرصۀ قدرت حداقل برای مدتی بیرون کردند.